李明勋是不是开导自己，西蒙斯等人不太清楚，但是最终东南变乱却是戏剧性收场的，按照安全局的情报，在沈廷扬原封不动传达了李明勋的话后，郑成功气急败坏，但是这个识时务的国姓爷可不敢挑衅李明勋亲手制定的规则，因此只得按照命令，交出金、厦二岛。
郑成功一面派人悄悄联络施琅军中的监军和周氏兄弟，一面派遣大军南下金夏清剿叛逆，可最终的结局是，施琅杀了郑成功的监军，直接向漳、泉一带的满清军队投降，引满清军入厦门、金门，幸好岛上的守军多与满清有血海深仇，而短短一个月的时间，施琅也没有掌握这支军队，在周瑞兄弟的率领下守军竭力对抗，只是福建沿海，水师以施琅部为首，金夏守军只得固守，而郑成功率水师来援，最终结局也只是撤出岛上军民，返回了舟山，金、厦二岛落入了满清手中。
毫无疑问的是，郑成功要为金、厦二岛的失陷负责，因为他根本没有为这二岛与清军死战的计划，郑成功知道，守住二岛最终也是要交给郑彩，这种没好处的事他可不会去做。
施琅的叛变让东南变乱戛然而止，金夏易手的责任再难怪罪到郑成功的头上，在郑成功的宣传里，施琅本就是叛逆小人，蒙蔽了国姓爷，早前就可能投靠了满清，借助南下金夏的机会，故意火并，意图挑起国姓与郑藩、合众国的内战，其心可诛，国姓更是公告天下，必要诛杀此獠。
东南变乱导致合众国的东南藩镇盟友的地位变的岌岌可危，舟山藩镇此刻有陆师没有水师，而郑藩有水师没有陆师，虽然郑彩提议舟山各藩镇一起出兵收复金、厦，日后共享福建沿海，但是被舟山藩镇拒绝了，郑成功铁血专权，郑彩心胸狭隘，都是容不得人的，这些军阀不想在这二人下听令，自然也不会帮助郑藩，一时间，这群盟友没了根据之地，只能等着两广会战后，听李明勋安排了。
两广会战从永历七年的十月中旬一直打到了永历八年的二月上旬，一开始胜利的进军在东南乱起之后戛然而止，毕竟有三万盟军因为东南变乱而无心作战，虽然他们不承担主要作战任务，但老家失陷让军心大损，在很长一段时间里，清军与盟军在深圳大营鏖战不休，双方谁也奈何不了谁。
而这段时间也给了合众国集结兵力的时间，当舟山的消息传到香港，李明勋的第一道命令就是坚持收复两广的政策不动摇，他深刻的意识到，合众国还不具备同时解决两广和东南沿海两场战争的能力，两头顾及，两头可能都不讨好，与那些只顾着走私赚钱的东南藩镇相比，夺取两
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