章惇暗中派遣亲信对常安民说道：“你本来是以文学而闻名，为什么喜欢谈论别人的长短，甘心结怨？如果能稍自安静，必定以高位相报。”常安民呵斥道：“你是为当道的人来做说客吗？烦你传话，我只知忠君，不知媚相。”章惇没有立刻排挤常安民，本来留有余地，有意笼络。可是常安民一味强硬，章惇自然不能相容。章惇于是让御史董敦逸，弹劾常安民，说他与苏轼兄弟，素来是同伙。常安民便被谪去滁州，令监酒税。
门下侍郎安焘上书救解，毫不见效，反触怒了章惇，被出任郑州。蔡卞重修神宗实录，大力推翻前案。之前的史官范祖禹，以及赵彦若、黄庭坚等，相继被降官，安置在永、澧、黔州。因为吕大防曾经监修神宗实录，也受到牵连，被徙安州居住。范纯仁请求释放吕大防，大忤章惇之意。于是范纯仁也贬知随州。章惇记念蔡确，可惜他已死，便嘱咐蔡确儿子蔡渭喊冤。哲宗即追复了蔡确官职，并赠太师，予谥忠怀。
章惇执政后，首先议论修复水磨。哲宗于是下诏京、索、大源等河为之，以孙迥提举，重新命令兼提举汴河堤岸，改差役制为雇役制，章惇逐步恢复了免役法、保甲法、青苗法等。在章惇主持下，以常平、免役、农田水利、保甲，类著其法，总为一书，定名为《常平、免役敕令》，颁行全国，熙宁新法基本恢复。
章惇又举荐名士彭汝砺、陈瓘、张庭坚等，刘奉世等三十一人，或贬官夺恩，或居住安置，轻重有差。其彬州编管秦观，移送横州。章惇又用邢恕为御史中丞。邢恕用北齐娄太后曾废她的孙子少主，而立儿子常山王高演的事，假托司马光，对范祖禹说道：“如今主少国疑，北齐宣训事仍可忧虑。"
章惇引诱高士充上书，说高士充的父亲高遵裕临死时，屏退左右，对高士充说：宋神宗弥留之际，王珪派高士充来问道：不知皇太后想立谁为帝。我斥责高士充离开。章惇追贬司马光、王珪，赠高遵裕为奉**留后。再追贬吕公著、司马光，责吕大防、刘挚、梁焘、范祖禹、刘安世等过岭，意犹未慊，仍用黄履疏高士英状，追贬王珪，皆诬以图危上躬。其言浸及宣仁皇后，帝颇惑之。最后起同文狱，将全部诛杀元佑大臣。
章惇让宦官郝随帮助自己，想追废宣仁后。上奏说司马光，刘挚、梁焘、刘大防等，曾勾通崇庆宫内侍陈衍，密谋废立。崇庆宫是高太后所居，陈衍是宫中干役，当时已获罪，发配朱崖。还有一个内侍张士良，从前也是和陈衍一样的职位，他被外调郴州。章惇遣使召回张士良，令蔡京、安惇
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