荷兰东印度公司由位于阿姆斯特丹、泽兰省的密德堡市、恩克华生市、德夫特市、荷恩市、鹿特丹市六处的办公室所组成，其董事会由七十多人组成。但真正握有实权的只有十七人，被称为十七人董事会。分别是阿姆斯特丹八人、泽兰省4人，其他地区各一人。
荷兰东印度公司是第一个可以自组佣兵、发行货币，也是第一个股份有限公司，并被获准与其他国家定立正式条约，并对该地实行殖民与统治的权力。荷兰东印度公司在爪哇的巴达维亚（今印尼的雅加达）建立了总部，其他的据点设立在东印度群岛、香料群岛上。
到了1669年时，荷兰东印度公司已是世界上最富有的私人公司，拥有超过150艘商船、40艘战舰、五万名员工、与一万名佣兵的军队，
1602?年?6?月，由卫玛朗率领一支庞大的?船队东来，在进攻已被葡萄牙人占领的澳门的计划破产后，在当地经商的福建海商李锦向卫玛朗建议占领澎湖，作为向漳州贸易的据点。
1604?年?8?月，卫玛朗率船队抵达澎湖，当时因为春汛结束，澎湖岛没有明朝驻军，荷兰人便在岛上“伐木筑舍”，为长期占领澎湖作准备，福建官府要求他们撤出澎湖地区，卫玛朗不仅不肯撤兵，他们还通过奸商贿赂税监高寀，阴许其开放贸易。
第一次侵略澎湖失败后，荷兰并没有放弃侵占台澎的野心，他们一直在谋划更大的行动。1608年。荷兰东印度公司董事长发出指示：“我们必须使用一切可能来增进对华贸易。首要目的是取得生丝。因为生丝利润优厚。大宗贩运能够为我们带来更多的收入和繁荣”
后来，当荷兰人听说西班牙人正在谋划占领台湾的时候。当时的巴达维亚总督科恩立刻采取先发制人的措施。命令雷诺兹率领舰队抢占台澎。
1622年6月29日，在雷诺兹的指挥下，东印度公司的17艘商船进占澎湖。头脑于7月11日。在澎湖马公红木埕登陆。8月1日。他们在澎湖凤柜尾开始修建城堡。
随后福建当局多次要求荷兰人退回巴达维亚，但被荷兰人拒绝。1623年7月，新任福建巡抚南居益到任，他下令严防荷兰人，并禁绝与荷兰人的贸易。而荷兰则在中国海岸炫耀武力金星威胁。
1624年2月8日。守备王梦熊率部进攻澎湖。3月，南居益调派都司顾恩忠率领
第二支部队进入澎湖，与王梦熊部会和。6月，副将俞咨皋率领第三支舰队抵达澎湖龙文港，并形成了南北
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